شورای پژوهشی پژوهشکده امور اقتصادی، متشکل از اساتید و پژوهشگران برجسته در حوزه‌های اقتصادی است که وظیفه سیاست‌گذاری، تعیین اولویت‌های تحقیقاتی و ارزیابی طرح‌های پژوهشی وزارت امور اقتصادی و دارایی را بر عهده خواهد داشت.