پژوهشکده امور اقتصادی به منظور کمک به کاربردی نمودن دانش، تحقیقات و پارساهای دانشگاهی، پایش و پردازش نیازهای کشور، مشارکت عموم متخصصین جامعه در حل مسائل و استفاده از ظرفیت‌های گسترده موجود در کشور، اولویت‌های پژوهشی خود را در دستگاه‌های ذیل اعلام نموده است:

۱- سازمان امور مالیاتی کشور

۲- سازمان سرمایه‌گذاری‌های خارجی ایران(IFIC)